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简介

  如果服务器硬盘坏了，数据恢复的可能性存在，但并不是百分之百。
  首先需要知道的是，数据恢复的难度与硬盘故障的类型和程度密切相关。如果是物理损坏，比如电路板故障或者盘片划伤等，恢复的难度会非常大，而且通常无法保证能够完全恢复所有数据。如果是逻辑损坏，比如文件系统错误或者病毒攻击等，恢复的难度相对较小，但也需要根据具体情况而定。
  针对服务器数据恢复，以下是一些可能的步骤：

  • 备份数据：
    • 在服务器硬盘损坏后，首先要做的是备份所有数据。这可以通过使用专业的数据恢复设备或者硬盘拷贝机来实现。要确保备份的数据完整性和准确性，需要在备份过程中仔细操作并检查。
  • 修复硬盘：
    • 对于物理损坏的硬盘，需要进行修复。这通常包括更换电路板、修复盘片或者更换整个硬盘等。在这个过程中，需要非常小心，以免对硬盘造成更大的损坏。
  • 数据恢复：
    • 在备份完数据并修复好硬盘后，可以开始进行数据恢复。这通常包括在专业的数据恢复设备上对硬盘进行镜像备份、分析raid信息、尝试恢复丢失的数据等。这个过程需要专业的技能和经验，不能随意操作。

  需要注意的是，在数据恢复过程中，任何操作都可能对原始数据造成破坏，因此最好避免在原盘上进行数据分析、重组等操作。同时，如果发现有无法恢复的数据，不要继续尝试，以免对数据造成更大的破坏。

以上是常规磁盘数据恢复过程，由专业的服务器运维工程师操作。

当样本下机fastq.gz文件通过以上专业方式依然无法恢复时，我们可以通过生信方式尽量多的从损坏文件中获取有用信息，尽可能降低损失。

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1. 简介

Option 是 Rust 语言中的一个枚举类型，它表示一个值可能存在，也可能不存在的情况。在Rust中没有空值null关键字，而改为使用Option枚举来处理。通过这种方式，可以解决很多问题，比如判断一个值是否为空，避免空指针引用等。

Option 枚举包含两个成员，一个成员表示含有值：Some(T), 另一个表示没有值：None，定义如下：

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enum Option<T> {
    Some(T),
    None,
}

由于Option 枚举被包含在prelude ( prelude属于 Rust 标准库，Rust 会将最常用的类型、函数等提前引入其中自动导入）中，在使用时不用提前导入，直接使用即可。

2. 解构 Option

想获取 Option 当中的T，可以有以下几种方式：

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简介

Rust 是一种 静态编译的、快速的语言，具有出色的工具支持和迅速增长的生态系统，这使它非常适合编写命令行应用程序。在平时的生信分析中，大部分工具也是命令行形式。因此，从这个角度来说，Rust是非常适合应用于生信领域。作为一个命令行应用程序（CLI），最基本的要求是能够与外界进行参数传递。

获取参数

一种方式是通过Rust标准库提供的std::env::args() 方法，提供了运行时给定参数的迭代器。
另一种是当前最受欢迎的解析命令行参数的库clap。

args用法

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fn main() {
    let pattern = std::env::args().nth(1).expect("no pattern given");
    let path = std::env::args().nth(2).expect("no path given");
    // 直接返回迭代器中相应位置的元素；
    println!("{},{}",pattern,path);

    let args:Vec<String> = std::env::args().collect();
    // 将迭代器转换为一个集合
    dbg!(args);

    /*
    $ cargo run  --  test  tmp.txt
    test,tmp.txt
    [src\main.rs:12] args = [
    "target\\debug\\learn_env.exe",
    "test",
    "tmp.txt",
    ]
     */

}
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简介

学习使用Rust进行简单的文件读取操作。

一次性读入

优点：

  • 处理包含字符串内容的文件；
  • 可以一次整体处理；

缺点：

  • 过大的文件可能会对性能产生严重影响；
  • 文件越大，程序内存消耗就越大；
  • 某些文件不能处理，如二进制内容的文件不能以这种方式处理；
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    use std::env;
    use std::fs;

    fn main() {
        let args:Vec<String>= env::args().collect();

        let fpath = &args[1];

        let contents:String = fs::read_to_string(fpath)
            .expect("读取文件失败");

        for line in contents.lines() {
            println!("{}",line);
        }
    }
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简介

简单多线程快速计算同源基因对kaks

依赖工具

  • ParaAT2.0
  • KaKs_Calculator2.0

ParaAT 使用说明

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export PATH=/storage_wut/user/software/ParaAT2.0:$PATH

cd /storage_wut/user/software/ParaAT2.0

ParaAT.pl -h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc -o output -f axt
--------------------------------
-h, 指定同源基因列表文件
-n, 指定核酸序列文件
-a, 指定蛋白序列文件
-p, 指定多线程文件                      ## 文件中给定线程数，默认为6
-m, 指定比对工具                        ## muscle
-g, 去除比对有gap的密码子
-k, 用KaKs_Calculator                   ## 计算kaks值
-o, 输出结果的目录
-f, 输出比对文件的格式

计算 kaks

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R 绘图脚本

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rm(list = ls())
library(ggplot2)
windowsFonts(myFont = windowsFont("Times New Roman"))
setwd("D:\\data\\kegg_go_class")
data <- read.table("test.DESeq2.goClass.xls.counts",sep='\t',header = T)
pdf(file="test.DESeq2.goClass.pdf",width=10,height=10)
dorder = factor(as.integer(rownames(data)),labels=data$GO_term) #对数据按GO_term排序
ggplot(data,aes(x=GO_term,y=Number_of_Genes,fill=GO_category))  +   #定义X轴，Y轴的数据和颜色填充
  geom_bar(stat="identity",position=position_dodge(0.7),width=0.8,aes(x=dorder))  + #定义柱形图的宽度和间距
  coord_flip() +  #转换横纵坐标
  ylim(0,600) +
  scale_fill_discrete(name="GO category") + #修改legend的tittle
  theme_bw() +
  theme(panel.grid =element_blank(),axis.text=element_text(size = 10,face = "bold")) + 
  geom_text(mapping = aes(label = Number_of_Genes),size = 4,hjust = -0.5) +
  ylab("Number of genes")  +#修改X轴标签
  xlab("")
dev.off()

绘图结果

image.png

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简介

  python中关于对象复制有三种类型：直接赋值、浅拷贝和深拷贝，他们既有联系又有区别。在python中，“类型”属于“对象”，“变量”是没有“类型”的。所有的变量都可以理解是内存中一个对象的“引用”。所以，我们需要把“变量”和真正的“内存对象”分开。

直接赋值

  在python中赋值语句是建立对象的引用值，而不是复制对象。因此，python变量更像是指针，而不是数据存储区域。因此，直接赋值其实就是其实就是对象的引用（别名）。

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需求简介

自从微软向全世界发布Windows 10下的 Linux子系统Windows Subsystem for Linux(WSL)，WSL为Windows用户提供了巨大的便利，它的诞生可以让开发者们在 Windows 10 下通过 Bash shell 运行原生态的Ubuntu 系统。当然，目前有很多方式在Windows系统下体验和学习Linux系统，主要包括以下几种方式：

  • 虚拟机
    通过在Windows系统下安装虚拟机Virtual Machine运行Linux系统，是目前比较流行的方式。但是运行虚拟机也有诸多不便，比如：消耗内存大（土豪随意）；划分的硬盘主机无法访问；与主机传输文件容易中断等。
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